Συνήθως η εμβρυομεταφορά λαμβάνει χώρα την τρίτη μέρα μετά την ωοληψία, στο εμβρυικό στάδιο των 6-8 κυττάρων. Η εμβρυομεταφορά που αποφασίζεται να γίνει στο στάδιο της βλαστοκύστης (πέμπτη ή έκτη μέρα μετά την ωοληψία) μπορεί να αυξήσει τα ποσοστά επιτυχίας όμως απαιτεί ιδιαίτερες συνθήκες εργαστηρίου.Έχει ένδειξη να διενεργείται στις ακόλουθες περιπτώσεις:
- όταν έχουν προηγηθεί ανεξήγητα αποτυχημένες προσπάθειες σε εμβρυομεταφορές τρίτης ημέρας
- όταν έχουμε περίσσεια εμβρύων την τρίτη μέρα με καλή μορφολογία. Σε αυτές τις περιπτώσεις επιλέγεται η καθυστέρηση της εμβρυομεταφοράς και η διενέργειά της στο στάδιο της βλαστοκύστης προκειμένου οι εμβρυολόγοι να είναι σε θέση να επιλέξουν τα ικανότερα, προς μεταφορά, έμβρυα.
- όταν επιχειρείται προεμφυτευτική διάγνωση. Στις περιπτώσεις αυτές η βιοψία των εμβρύων λαμβάνει χώρα την τρίτη ή την πέμπτη ημέρα ανάπτυξης και η εμβρυομεταφορά γίνεται αναγκαστικά την πέμπτη/έκτη μέρα ή σε κάποιες περιπτώσεις παγώνονται όλα τα έμβρυα και η εμβρυομεταφορά γίνεται σε επόμενο κύκλο (έως ότου ανακοινωθεί η απάντηση από τους γενετιστές για το γενετικό υλικό των εμβρύων)
